公元1363年五月，初置翰林国史院，设学士（正三品），侍讲学士（从四品），直学士（正五品），修撰，典簿（正七品），编修（正八品）。洪武元年（公元1368年），改名翰林院。洪武二年，置学士承旨，正三品，改学士为从三品，并增设待制（从五品），应奉（正七品），典籍（从八品）等官。洪武十三年（公元1380年）增设检阅（从九品）。洪武十四年，降翰林学士为正五品，并革除学士承旨、直学士、待制、应奉等官。明初，翰林院官员都是荐举而入，而不从进士中选任。所以，洪武四年（公元1371年）开科，状元吴伯宗只授员外郎，榜眼、探花仅授主事而已。至十八年（公元1385年），更定翰林品员，定进士一甲授修撰，二甲以下授编修、检讨，其品秩自学士五品以下至七品不等。据《明史•；选举志》载，这年廷试后，一甲进士丁显等授翰林院修撰，二甲马京等为编修，吴文为检讨。进士入翰林就是从这一年开始。此后，明太祖对翰林院的政治作用逐渐注意，据《明史•；戴德彝传》载，洪武二十七年（公元1394年），戴德彝为翰林院侍讲，太祖对他说：“翰林虽职文学，然既列禁近，凡国家政冶得失，民生利害，当知无不言。昔唐陆贽、崔群、李绛在翰林，皆能正言谠论，补益当时，汝宜以古人自期”。
惠帝建文初年，复置学士承旨，改侍讲、侍读两学士为文学博士，以方孝孺任之，参预机务，并置文翰、文史二馆。以文翰馆居侍讲，侍读，侍书，五经博士；文史馆居修撰，编修，检讨。永乐二年（公元1404年），授一甲3人为翰林修撰、编修，再于二甲选文学优等者杨相等50人及善书者汤流等10人为庶吉士。从此以后，庶吉士便成为翰林之专官。
明代翰林院官员具有两重意义：其一，作为参预机务的内阁成员。内阁成员称大学士，因而内阁与翰林院为一而二，二而一的机构，这是清制只有翰林出身者才能入阁的由来。自明宪宗成化（公元1465——1487年）以后，不但内阁，就连六部长官也有定例以翰林官充任的。据《明史•；职官志二》载：“其在六部，自成化时，周洪谟以后，礼部尚书、侍郎必由翰林，吏部两侍郎必有一由于翰林。其由翰林者，尚书则兼学士（六部皆然），侍郎则兼侍读、侍讲学士。其在詹事府暨坊、局官，视其品级，必带本院衔（詹事，少詹事带学士衔，庶子，谕德，中允，赞善则带侍讲、侍读学士以至于编修、检讨等衔）”。其二，明代的翰林院包括前代的秘书监、史馆、著作局、起居郎、舍人等职；因此，这些官名均已废除。事实上连这些官的职务也废除了，有时不过作为装点门面而已。
明代的翰林学士掌制诰、史册、文翰之事，以考议制度，详正文书，备天子顾问，其职位颇为清要。《明史•；职官志二》说：“大政事、大典礼，集诸臣会议，则与诸司参决其可否，车驾幸太学听讲，凡郊祀、庆成诸宴，则学士侍坐於四品京卿上”。因其常在帝侧，“备天子顾问”，颇能左右朝政，也可干预官吏的黜陟，所以特受尊崇，虽品列第五，侍坐则在四品京官以上。侍读、侍讲掌讲读经史。
此外，国子监也与翰林院相接近。置祭酒1人（从四品），司业1人（正六品）。其下设绳愆厅，以监丞1人（正八品）掌执学规；博士厅，有《五经》博士5人（从八品）分经讲授，助教15人（从八品），学正10人（正九品），分率性、修道、诚心、正义、崇志、广业六堂为士子肆业之所，这是明代所特设的；典簿厅，有典簿1人（从八品）；典籍厅，有典籍1人（从九品；掌馔厅，设掌馔2人（未入品）。
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